CDNや別ドメインのサイトも巡回対象に加えることはできますか？

はい、可能です。 新しいサイトを追加 の [高度な設定] - [クローラー設定] にある「巡回を許可するドメイン」で対象となるドメインを改行区切りで登録すると巡回の対象となります。